圖神經網絡(GNNs),能夠從圖形數據學習表示,自然適合建模分子系統。本文介紹了圖神經網絡及其在小有機分子中的各種應用。GNN依賴消息傳遞操作(一種通用但功能強大的框架)來迭代更新節點特性。許多研究設計了GNN架構,以有效地學習二維分子圖的拓撲信息和三維分子系統的幾何信息。GNN在分子性質預測、分子評分和對接、分子優化和從頭生成、分子動力學模擬等方面都有廣泛的應用。此外,本文還綜述了含有GNN分子的自監督學習的最新進展。
引言
幾何深度學習(GDL)是一種基于神經網絡架構的學習方法,它可以整合并處理對稱信息。GDL在分子建模應用中有著特殊的應用前景,在這些應用中存在著具有不同對稱性和抽象層次的各種分子表示。本文綜述了分子GDL在藥物發現、化學合成預測和量子化學中的應用。重點放在學習的分子特征的相關性和它們的互補的完善的分子描述符。本文綜述了當前的挑戰和機遇,并對GDL在分子科學中的應用前景進行了展望。
摘要
深度學習是基于神經網絡的人工智能(AI)[1,2]的一個實例,近年來的進展已經在分子科學領域得到了廣泛的應用,如藥物發現[3,4]、量子化學[5]和結構生物學[6,7]。深度學習的兩個特點使得它在應用于分子時特別有前途。首先,深度學習方法可以處理“非結構化”數據表示,如文本序列[8,9]、語音信號[10,11]、圖像[12-14]和圖形[15,16]。這種能力對于分子系統,尤其有用,化學家們已經開發出許多模型(即“分子表示”),捕獲分子性質在不同的萃取級別(圖1)。第二個關鍵特征是,深度學習可以執行特征提取(或學習)的特性從輸入數據, 也就是說,從輸入數據生成數據驅動的特性,而不需要人工干預。這兩個特性對于深度學習來說很有前途,可以作為“經典”機器學習應用(如定量結構-活性關系[QSAR])的補充,在這些應用中,分子特征 (即“分子描述符”[17])是通過基于規則的算法進行先驗編碼的。從非結構化數據中學習并獲得數據驅動的分子特征的能力,導致了人工智能在分子科學中的前所未有的應用。
幾何深度學習(GDL)是深度學習領域最有前景的進展之一。幾何深度學習是一個涵蓋新興技術的總稱,這些技術將神經網絡推廣到歐幾里得和非歐幾里得域,如圖、流形、網格或字符串表示[15]。一般來說,GDL包含了包含幾何先驗的方法,即關于輸入變量的結構、空間和對稱屬性的信息。利用這種幾何先驗來提高模型捕獲的信息的質量。盡管GDL越來越多地應用于分子建模[5,18,19],但其在該領域的全部潛力仍未得到充分挖掘。
本文的目的是 :(1) 對GDL在分子系統中的應用進行結構化和協調的綜述; (2)概述該領域的主要研究方向; (3) 預測GDL的未來影響。重點介紹了三個應用領域,即藥物發現、量子化學和計算機輔助合成規劃(CASP),特別關注了GDL方法學習到的數據驅動分子特征。所選術語的詞匯表見框1。
幾何深度學習原理
幾何深度學習這個詞是在2017年[15]誕生的。雖然GDL最初用于應用于非歐幾里得數據[15]的方法,但現在它擴展到所有包含幾何先驗[21]的深度學習方法,即有關感興趣系統的結構和對稱信息。在GDL中,對稱是一個至關重要的概念,因為它包含了系統與操作(轉換)相關的屬性,如平移、反射、旋轉、縮放或排列(框2)。
分子幾何深度學習
GDL在分子系統中的應用具有挑戰性,部分原因是有多種有效的方法來表示相同的分子實體。分子表示可以根據它們不同的提煉水平以及它們所捕獲的物理、化學和幾何方面進行分類。重要的是,所有這些表示都是同一現實的模型,因此“適合于某些目的,而不適合其他目的”[63]。GDL提供了用相同分子的不同表示進行實驗的機會,并利用它們的內在幾何特征來提高模型的質量。此外,由于GDL的特征提取(特征學習)功能,它已經多次被證明在為手頭的任務提供相關分子屬性方面是有用的。在接下來的章節中,我們將描述最流行的分子GDL方法及其在化學中的應用,并根據用于深度學習的分子表示進行分組: 分子圖、網格、字符串和曲面。
總結與展望
化學中的幾何深度學習使研究人員能夠利用不同非結構化分子表征的對稱性,從而為分子結構生成和性質預測提供更大的靈活性和通用性的可用計算模型。這些方法代表了對基于分子描述符或其他人類工程特征的經典化學信息學方法的有效替代。對于那些通常需要高度工程化規則的建模任務(例如,從頭設計的化學轉換,以及CASP的活性位點規范),GDL的好處已經得到了一致的顯示。在已發表的GDL應用中,每種分子表示都顯示出各自的優缺點。
摘要
在過去十年左右的時間里,我們見證了深度學習讓機器學習領域重新煥發活力。它以最先進的性能解決了計算機視覺、語音識別、自然語言處理等領域的許多問題。這些領域的數據一般用歐幾里得空間表示。其他許多領域都符合非歐幾里得空間,圖是其中的理想表示。圖適用于表示各種實體之間的依賴關系和相互關系。傳統上,手工制作的圖特性無法從復雜的數據表示中為各種任務提供必要的推斷。最近,出現了利用深度學習的各種進展來繪制基于數據的任務。本文提供了圖神經網絡(GNN)在每種學習設置中的全面綜述: 監督學習、無監督學習、半監督學習和自監督學習。每個基于圖的學習設置的分類提供了屬于給定學習設置的方法的邏輯劃分。從理論和實證兩方面分析了每個學習任務的方法。此外,我們還提供了構建GNN的一般架構指導方針。還提供了各種應用程序和基準數據集,以及仍然困擾著GNN的普遍適用性的開放挑戰。
//www.zhuanzhi.ai/paper/4014c909fcaa7d7c7c7d292b6a7febbb
引言
圖是定義一組節點及其關系的數據結構。從社交網絡[141]到物理互動[209],我們無處不在地觀察它們。圖表還可以用來表示不可思議的結構,如原子、分子、生態系統、生物、行星系統[42]等等。所以,圖形結構存在于我們的周圍環境和對世界的感知中。它包括實體和相互關系,以建立概念,如推理、溝通、關系、營銷等。
隨著當今技術的進步,互聯網(一個巨大的圖表)的使用正在迅速增長。如今,在社交網絡、搜索引擎的知識數據庫、街道地圖、甚至分子、高能物理、生物和化學化合物中也可以找到大量的圖表。圖結構表示在這些環境中很常見; 因此,需要有效和新穎的技術來解決基于圖的任務。許多傳統的機器學習技術都是在使用各種預定義的過程從原始數據表單中提取特征的基礎上提出的。提取的特征可以是圖像數據中的像素統計,也可以是自然語言數據中的單詞出現統計。在過去的十年中,深度學習(DL)技術獲得了巨大的普及,有效地解決了學習問題,從原始數據學習表示,并使用學習的表示同時預測。通常,這是通過探索許多不同的非線性轉換(由層執行)和使用基于梯度下降的學習方法對這些模型進行端到端訓練來實現的。盡管DL最近在計算機視覺、自然語言處理、生物醫學成像、生物信息學等領域取得了進展,但它仍然缺乏關系和因果推理、智力抽象和其他各種人類能力。以圖的形式構造深度神經網絡(DNN)中的計算和表示是解決這些問題的方法之一,這種方法被稱為圖神經網絡(GNN)。
GNN在具有許多學習設置的不同領域的圖結構數據集上都是成功的: 有監督、半監督、自監督和無監督。大多數基于圖的方法屬于無監督學習,通常基于自動編碼器、對比學習或隨機行走概念。圖自編碼器的最新研究成果有:Cao等人[22]在高光譜分類中的特征提取; Yang等人的防止消息傳遞過平滑[188];Park等人使用消息傳遞自動編碼器進行雙曲表示學習[134];用于解決Wu等人[182]提出的當前鏈路預測方法的局限性。最近,基于對比學習的方法也很成功,這在許多研究人員的工作中得到了證明。Okuda等[122]是最近出現的一種無監督圖表示學習方法,用于發現圖像中常見的目標和一組特定目標的定位方法。學習后的表示可以用于下游的學習任務,如Du等人[41]和Perozzi等人[138]所示。Adhikari等人[2]中的擴展隨機游動以及Dong等人[40]中的異構圖中的頂點表示也可以捕獲子圖的嵌入。
本文根據圖半監督學習方法的嵌入特征,將其分類為淺圖嵌入和深圖嵌入。將淺圖嵌入分為因子分解、隨機游走,將深圖嵌入分為自編碼器嵌入和GNN嵌入。本文還提供了對每種方法的進一步解釋,以及GNN的類別。基于圖的自監督學習方法根據任務和訓練策略進行分類。現有關于GNN的綜述論文大多側重于單一學習設置或一般GNN,如表1所示。這些綜述并沒有分別解釋每種學習環境。Zhou等人[205]最近完成了一項研究,重點研究了圖上的各種機器學習算法。
在本文中,我們探討了每個基于圖的學習設置,并將其分為幾個類別。本文的主要貢獻概述如下:
論文組織: 第2節分別介紹GNN的基本術語和概念,然后介紹2.1節和2.2節中基于圖結構數據的圖的變體和任務。第3節解釋了每個學習設置的基于GNN的方法,并進一步將方法和學習設置分解為邏輯劃分。3.1節簡要介紹了現有的圖監督學習方法。基于圖的無監督學習方法在第3.2節中進行了解釋,并對現有的學習方法進行了細分。然后我們在第3.3節給出了圖半監督學習方法,并通過嵌入方法對這些方法進行了細分。第3.4節介紹了圖的自監督學習方法,并根據任務和訓練策略對每種方法進行了劃分。GNN的一般step-wise結構在第4節中給出。第6節從理論和實證兩個方面對GNN方法進行了分析。在第5節中,我們介紹了幾個在GNN研究中常用的數據集,然后是第7節,介紹了GNN的一些流行應用。第8節總結了在基于GNN的圖任務解決方案中仍然存在的尚未解決的問題。最后,在第9部分,我們總結了這項工作。
在監督模式下訓練的深度模型在各種任務上都取得了顯著的成功。在標記樣本有限的情況下,自監督學習(self-supervised learning, SSL)成為利用大量未標記樣本的新范式。SSL在自然語言和圖像學習任務中已經取得了很好的效果。最近,利用圖神經網絡(GNNs)將這種成功擴展到圖數據的趨勢。
在本綜述論文中,我們提供了使用SSL訓練GNN的不同方法的統一回顧。具體來說,我們將SSL方法分為對比模型和預測模型。
在這兩類中,我們都為方法提供了一個統一的框架,以及這些方法在框架下的每個組件中的不同之處。我們對GNNs SSL方法的統一處理揭示了各種方法的異同,為開發新的方法和算法奠定了基礎。我們還總結了不同的SSL設置和每個設置中使用的相應數據集。為了促進方法開發和實證比較,我們為GNNs中的SSL開發了一個標準化測試床,包括通用基線方法、數據集和評估指標的實現。
//www.zhuanzhi.ai/paper/794d1d27363c4987efd37c67ec710a18
引言
深度模型以一些數據作為輸入,并訓練輸出期望的預測。訓練深度模型的一種常用方法是使用有監督的模式,在這種模式中有足夠的輸入數據和標簽對。
然而,由于需要大量的標簽,監督訓練在許多現實場景中變得不適用,標簽是昂貴的,有限的,甚至是不可用的。
在這種情況下,自監督學習(SSL)支持在未標記數據上訓練深度模型,消除了對過多注釋標簽的需要。當沒有標記數據可用時,SSL可以作為一種從未標記數據本身學習表示的方法。當可用的標記數據數量有限時,來自未標記數據的SSL可以用作預訓練過程,在此過程之后,標記數據被用來為下游任務微調預訓練的深度模型,或者作為輔助訓練任務,有助于任務的執行。
最近,SSL在數據恢復任務中表現出了良好的性能,如圖像超分辨率[1]、圖像去噪[2,3,4]和單細胞分析[5]。它在語言序列[6,7,8]、圖像[9,10,11,12]、帶有序列模型的圖[13,14]等不同數據類型的表示學習方面也取得了顯著進展。這些方法的核心思想是定義前置訓練任務,以捕獲和利用輸入數據的不同維度之間的依賴關系,如空間維度、時間維度或通道維度,具有魯棒性和平滑性。Doersch等人以圖像域為例,Noroozi和Favaro[16],以及[17]等人設計了不同的前置任務來訓練卷積神經網絡(CNNs)從一幅圖像中捕捉不同作物之間的關系。Chen等人的[10]和Grill等人的[18]訓練CNN捕捉圖像的不同增強之間的依賴關系。
根據訓練任務的設計,SSL方法可以分為兩類;即對比模型和預測模型。這兩個類別之間的主要區別是對比模型需要數據-數據對來進行訓練,而預測模型需要數據-標簽對,其中標簽是自生成的,如圖1所示。對比模型通常利用自監督來學習數據表示或對下游任務進行預訓練。有了這些數據-數據對,對比模型就能區分出正面對和負面對。另一方面,預測模型是在監督的方式下訓練的,其中標簽是根據輸入數據的某些屬性或選擇數據的某些部分生成的。預測模型通常由一個編碼器和一個或多個預測頭組成。當應用于表示學習或預訓練方法時,預測模型的預測頭在下游任務中被刪除。
在圖數據分析中,SSL可能非常重要,它可以利用大量未標記的圖,如分子圖[19,20]。隨著圖神經網絡的快速發展[21,22,23,24,25,26,27],圖神經網絡的基本組成[28,29,30,31,32,33]等相關領域[34,35]得到了深入的研究,并取得了長足的進展。相比之下,在GNNs上應用SSL仍然是一個新興領域。由于數據結構的相似性,很多GNN的SSL方法都受到了圖像領域方法的啟發,如DGI[36]和圖自動編碼器[37]。然而,由于圖結構數據的唯一性,在GNN上應用SSL時存在幾個關鍵的挑戰。為了獲得良好的圖表示并進行有效的預訓練,自監督模型可以從圖的節點屬性和結構拓撲中獲取必要的信息。對于對比模型來說,由于自監督學習的GPU內存問題并不是圖形的主要關注點,關鍵的挑戰在于如何獲得良好的圖形視圖以及針對不同模型和數據集的圖形編碼器的選擇。對于預測模型,至關重要的是應該生成什么標簽,以便了解非平凡的表示,以捕獲節點屬性和圖結構中的信息。
為了促進方法論的發展和促進實證比較,我們回顧GNN的SSL方法,并為對比和預測方法提供了統一的觀點。我們對這一問題的統一處理,可以揭示現有方法的異同,啟發新的方法。我們還提供了一個標準化的測試,作為一個方便和靈活的開源平臺,用于進行實證比較。我們將本次綜述論文總結如下:
我們提供關于圖神經網絡SSL方法的徹底和最新的回顧。據我們所知,我們的綜述查首次回顧了關于圖數據的SSL。
我們將GNN現有的對比學習方法與一般框架統一起來。具體來說,我們從互信息的角度統一對比目標。從這個新的觀點來看,不同的對比學習方式可以看作是進行三種轉換來獲得觀點。我們回顧了理論和實證研究,并提供見解來指導框架中每個組成部分的選擇。
我們將SSL方法與自生成標簽進行分類和統一,作為預測學習方法,并通過不同的標簽獲取方式來闡明它們之間的聯系和區別。
我們總結了常用的SSL任務設置以及不同設置下常用的各類數據集,為未來方法的發展奠定了基礎。
我們開發了一個用于在GNN上應用SSL的標準化測試平臺,包括通用基準方法和基準的實現,為未來的方法提供了方便和靈活的定制。
圖神經網絡(GNNs)最近在人工智能領域變得越來越受歡迎,這是因為它們具有提取相對非結構化數據類型作為輸入數據的獨特能力。盡管GNN體系結構的一些元素在操作上與傳統神經網絡(以及神經網絡變體)的概念相似,但其他元素則不同于傳統的深度學習技術。本教程通過整理和呈現最常見類型的GNNs的動機、概念、數學和應用的詳細信息,向一般深度學習愛好者展示了GNNs的強大功能和新穎之處。重要的是,我們以介紹性的速度簡要地介紹了本教程,并提供了理解和使用GNNs的實用和可訪問的指南。
摘要:
當代人工智能(AI),或者更具體地說,深度學習(DL)近年來被稱為神經網絡(NN)的學習架構所主導。NN變體被設計用于提高某些問題領域的性能;卷積神經網絡(CNN)在基于圖像的任務環境中表現突出,而遞歸神經網絡(RNN)在自然語言處理和時間序列分析空間中表現突出。神經網絡也被用作復合DL框架的組件——它們在生成對抗網絡(GANs)中被用作可訓練的生成器和判別器,在transformers [46]中被用作編碼器和解碼器。雖然在計算機視覺中作為輸入的圖像和在自然語言處理中作為輸入的句子看起來是不相關的,但是它們都可以用一個單一的、通用的數據結構來表示:圖(見圖1)。
形式上,圖是一組不同的頂點(表示項目或實體),這些頂點通過邊(表示關系)選擇性地連接在一起。被設計來處理這些圖的學習架構是有名稱的圖神經網絡(GNN)。輸入圖之間的頂點和邊的數量可以改變。通過這種方式,GNNs可以處理非結構化的、非歐幾里得數據[4],這一特性使得它們在圖形數據豐富的特定問題域中具有價值。相反,基于NN的算法通常需要對具有嚴格定義維數的結構化輸入進行操作。例如,構建一個用于在MNIST數據集上進行分類的CNN,其輸入層必須為28×28個神經元,后續輸入給它的所有圖像大小必須為28×28像素,才能符合這個嚴格的維數要求[27]。
圖作為數據編碼方法的表達性,以及GNNs相對于非結構化輸入的靈活性,推動了它們的研究和開發。它們代表了一種探索相對通用的深度學習方法的新方法,并且它們促進了深度學習方法對數據集的應用,直到最近,這些數據集還不能使用傳統的神經網絡或其他此類算法。
本篇內容結構:
//deepai.org/publication/a-practical-guide-to-graph-neural-networks
在本章中,我們將關注更復雜的編碼器模型。我們將介紹圖神經網絡(GNN)的形式,它是定義圖數據上的深度神經網絡的一般框架。關鍵思想是,我們想要生成實際上依賴于圖結構的節點的表示,以及我們可能擁有的任何特征信息。在開發復雜的圖結構數據編碼器的主要挑戰是,我們通常的深度學習工具箱不適用。例如,卷積神經網絡(CNNs)只在網格結構的輸入(如圖像)上定義良好,而遞歸神經網絡(RNNs)只在序列(如文本)上定義良好。要在一般圖上定義深度神經網絡,我們需要定義一種新的深度學習架構。
近年來,人們對學習圖結構數據表示的興趣大增。基于標記數據的可用性,圖表示學習方法一般分為三大類。第一種是網絡嵌入(如淺層圖嵌入或圖自動編碼器),它側重于學習關系結構的無監督表示。第二種是圖正則化神經網絡,它利用圖來增加半監督學習的正則化目標的神經網絡損失。第三種是圖神經網絡,目的是學習具有任意結構的離散拓撲上的可微函數。然而,盡管這些領域很受歡迎,但在統一這三種范式方面的工作卻少得驚人。在這里,我們的目標是彌合圖神經網絡、網絡嵌入和圖正則化模型之間的差距。我們提出了圖結構數據表示學習方法的一個綜合分類,旨在統一幾個不同的工作主體。具體來說,我們提出了一個圖編碼解碼器模型(GRAPHEDM),它將目前流行的圖半監督學習算法(如GraphSage、Graph Convolutional Networks、Graph Attention Networks)和圖表示的非監督學習(如DeepWalk、node2vec等)歸納為一個統一的方法。為了說明這種方法的一般性,我們將30多個現有方法放入這個框架中。我們相信,這種統一的觀點既為理解這些方法背后的直覺提供了堅實的基礎,也使該領域的未來研究成為可能。
概述
學習復雜結構化數據的表示是一項具有挑戰性的任務。在過去的十年中,針對特定類型的結構化數據開發了許多成功的模型,包括定義在離散歐幾里德域上的數據。例如,序列數據,如文本或視頻,可以通過遞歸神經網絡建模,它可以捕捉序列信息,產生高效的表示,如機器翻譯和語音識別任務。還有卷積神經網絡(convolutional neural networks, CNNs),它根據移位不變性等結構先驗參數化神經網絡,在圖像分類或語音識別等模式識別任務中取得了前所未有的表現。這些主要的成功僅限于具有簡單關系結構的特定類型的數據(例如,順序數據或遵循規則模式的數據)。
在許多設置中,數據幾乎不是規則的: 通常會出現復雜的關系結構,從該結構中提取信息是理解對象之間如何交互的關鍵。圖是一種通用的數據結構,它可以表示復雜的關系數據(由節點和邊組成),并出現在多個領域,如社交網絡、計算化學[41]、生物學[105]、推薦系統[64]、半監督學習[39]等。對于圖結構的數據來說,將CNNs泛化為圖并非易事,定義具有強結構先驗的網絡是一項挑戰,因為結構可以是任意的,并且可以在不同的圖甚至同一圖中的不同節點之間發生顯著變化。特別是,像卷積這樣的操作不能直接應用于不規則的圖域。例如,在圖像中,每個像素具有相同的鄰域結構,允許在圖像中的多個位置應用相同的過濾器權重。然而,在圖中,我們不能定義節點的順序,因為每個節點可能具有不同的鄰域結構(圖1)。此外,歐幾里德卷積強烈依賴于幾何先驗(如移位不變性),這些先驗不能推廣到非歐幾里德域(如平移可能甚至不能在非歐幾里德域上定義)。
這些挑戰導致了幾何深度學習(GDL)研究的發展,旨在將深度學習技術應用于非歐幾里德數據。特別是,考慮到圖在現實世界應用中的廣泛流行,人們對將機器學習方法應用于圖結構數據的興趣激增。其中,圖表示學習(GRL)方法旨在學習圖結構數據的低維連續向量表示,也稱為嵌入。
廣義上講,GRL可以分為兩類學習問題,非監督GRL和監督(或半監督)GRL。第一個系列的目標是學習保持輸入圖結構的低維歐幾里德表示。第二系列也學習低維歐幾里德表示,但為一個特定的下游預測任務,如節點或圖分類。與非監督設置不同,在非監督設置中輸入通常是圖結構,監督設置中的輸入通常由圖上定義的不同信號組成,通常稱為節點特征。此外,底層的離散圖域可以是固定的,這是直推學習設置(例如,預測一個大型社交網絡中的用戶屬性),但也可以在歸納性學習設置中發生變化(例如,預測分子屬性,其中每個分子都是一個圖)。最后,請注意,雖然大多數有監督和無監督的方法學習歐幾里德向量空間中的表示,最近有興趣的非歐幾里德表示學習,其目的是學習非歐幾里德嵌入空間,如雙曲空間或球面空間。這項工作的主要動機是使用一個連續的嵌入空間,它類似于它試圖嵌入的輸入數據的底層離散結構(例如,雙曲空間是樹的連續版本[99])。
鑒于圖表示學習領域的發展速度令人印象深刻,我們認為在一個統一的、可理解的框架中總結和描述所有方法是很重要的。本次綜述的目的是為圖結構數據的表示學習方法提供一個統一的視圖,以便更好地理解在深度學習模型中利用圖結構的不同方法。
目前已有大量的圖表示學習綜述。首先,有一些研究覆蓋了淺層網絡嵌入和自動編碼技術,我們參考[18,24,46,51,122]這些方法的詳細概述。其次,Bronstein等人的[15]也給出了非歐幾里德數據(如圖或流形)的深度學習模型的廣泛概述。第三,最近的一些研究[8,116,124,126]涵蓋了將深度學習應用到圖數據的方法,包括圖數據神經網絡。這些調查大多集中在圖形表示學習的一個特定子領域,而沒有在每個子領域之間建立聯系。
在這項工作中,我們擴展了Hamilton等人提出的編碼-解碼器框架,并介紹了一個通用的框架,圖編碼解碼器模型(GRAPHEDM),它允許我們將現有的工作分為四大類: (i)淺嵌入方法,(ii)自動編碼方法,(iii) 圖正則化方法,和(iv) 圖神經網絡(GNNs)。此外,我們還介紹了一個圖卷積框架(GCF),專門用于描述基于卷積的GNN,該框架在廣泛的應用中實現了最先進的性能。這使我們能夠分析和比較各種GNN,從在Graph Fourier域中操作的方法到將self-attention作為鄰域聚合函數的方法[111]。我們希望這種近期工作的統一形式將幫助讀者深入了解圖的各種學習方法,從而推斷出相似性、差異性,并指出潛在的擴展和限制。盡管如此,我們對前幾次綜述的貢獻有三個方面
我們介紹了一個通用的框架,即GRAPHEDM,來描述一系列廣泛的有監督和無監督的方法,這些方法對圖形結構數據進行操作,即淺層嵌入方法、圖形正則化方法、圖形自動編碼方法和圖形神經網絡。
我們的綜述是第一次嘗試從同一角度統一和查看這些不同的工作線,我們提供了一個通用分類(圖3)來理解這些方法之間的差異和相似之處。特別是,這種分類封裝了30多個現有的GRL方法。在一個全面的分類中描述這些方法,可以讓我們了解這些方法究竟有何不同。
我們為GRL發布了一個開源庫,其中包括最先進的GRL方法和重要的圖形應用程序,包括節點分類和鏈接預測。我們的實現可以在//github.com/google/gcnn-survey-paper上找到。