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Hierarchical Inter-Message Passing for Learning on Molecular Graphs

我們提出了一個在分子圖上學習的遞階神經信息傳遞架構。我們的模型采用了兩種互補的圖表示:原始的分子圖表示和相關的結樹,其中節點表示原始圖中有意義的簇,如環或橋接化合物。然后,我們通過在每個圖中傳遞消息來學習分子的表示,并使用粗到細和細到粗的信息流在兩種表示之間交換消息。我們的方法能夠克服經典GNN的一些限制,如檢測周期,同時仍然非常有效的訓練。我們在ZINC數據集和MoleculeNet基準收集數據集上驗證了它的性能。

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相關內容

題目: Graph Pooling with Node Proximity for Hierarchical Representation Learning

摘要: 在最近的研究中,圖神經網絡在圖數據表示學習方面受到了廣泛的關注。作為對圖卷積算子的補充,圖池化是提取圖數據層次表示的關鍵。然而,最近的圖池化方法仍然不能有效地利用圖數據的幾何特性。在本文中,我們提出了一種新的圖組合策略,利用節點的鄰近性來提高圖數據的多跳拓撲結構的層次表示學習。節點接近度是通過協調拓撲信息的核表示和節點特征得到的。拓撲信息的隱式結構感知核表示允許高效的圖池化,而不需要顯式的圖的特征組合。利用高斯徑向基函數結合仿射變換和核技巧自適應地評估節點信號的相似性。實驗結果表明,所提出的圖池化策略能夠在公開圖分類基準數據集上取得最先進的性能。

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圖神經網絡(GNN)已經在許多具有挑戰性的應用中展示了優越的性能,包括小樣本學習任務。盡管GNN具有強大的從少量樣本中學習和歸納的能力,但隨著模型的深入,GNN通常會出現嚴重的過擬合和過平滑問題,這限制了模型的可擴展性。在這項工作中,我們提出了一個新的注意力GNN來解決這些挑戰,通過合并三重注意機制,即節點自我注意,鄰居注意和層記憶注意力。我們通過理論分析和實例說明了所提出的注意模塊可以改善小樣本學習的GNN的原因。廣泛的實驗表明,在mini-ImageNet 和Tiered-ImageNet數據集上,通過誘導和直推設置,提出的注意力GNN在小樣本學習方面優于基于最先進的GNN方法。

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題目:

Con?dence-Aware Learning for Deep Neural Networks

簡介:

盡管深度神經網絡可以執行多種任務,但過分一致的預測問題限制了它們在許多安全關鍵型應用中的實際應用。已經提出了許多新的工作來減輕這個問題,但是大多數工作需要在訓練和/或推理階段增加計算成本,或者需要定制的體系結構來分別輸出置信估計。在本文中,我們提出了一種使用新的損失函數訓練深度神經網絡的方法,稱為正確排名損失,該方法將類別概率顯式規范化,以便根據依據的有序等級更好地進行置信估計。所提出的方法易于實現,并且無需進行任何修改即可應用于現有體系結構。而且,它的訓練計算成本幾乎與傳統的深度分類器相同,并且通過一次推斷就可以輸出可靠的預測。在分類基準數據集上的大量實驗結果表明,所提出的方法有助于網絡產生排列良好的置信度估計。我們還證明,它對于與置信估計,分布外檢測和主動學習密切相關的任務十分有效。

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消息傳遞被證明是一種設計圖神經網絡的有效方法,因為它能夠利用排列等方差和對學習局部結構的歸納偏差來實現良好的泛化。然而,當前的消息傳遞體系結構的表達能力有限,無法學習圖的基本拓撲性質。我們解決了這個問題,并提出了一個新的消息傳遞框架,它是強大的同時保持置換等方差。具體來說,我們以單熱點編碼的形式傳播惟一的節點標識符,以便了解每個節點的本地上下文。我們證明了我們的模型在極限情況下是通用的,同時也是等變的。通過實驗,我們發現我們的模型在預測各種圖的拓撲性質方面具有優勢,為新型的、功能強大的等變和計算效率的結構開辟了道路。

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我們討論關于圖神經網絡(GNNs)的兩個基本問題。首先,我們證明了幾個重要的圖屬性是不能由完全依賴于局部信息的GNN計算的。這樣的GNN包括標準的消息傳遞模型,以及更強大的空間變體,利用本地圖結構(例如,通過消息的相對方向,或本地端口排序)來區分每個節點的鄰居。我們的處理包括一種新的圖論形式主義。其次,我們為消息傳遞GNN提供了第一個依賴數據的泛化邊界。該分析明確地說明了GNN的局部置換不變性。我們的邊界比現有的基于VC維的GNN保證更緊,并且可與遞歸神經網絡的Rademacher邊界相媲美。

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最近,終身學習在構建不斷積累和轉移知識以幫助未來學習的機器學習系統方面引起了關注。無監督主題建模廣泛用于從文檔集合中發現主題。然而,由于數據稀疏性,例如,在一個小的(短)文檔集合中,會產生不連貫的主題和次優的文檔表示,主題建模的應用具有挑戰性。為了解決這個問題,我們提出了一個神經主題建模的終身學習框架,它可以連續處理文檔集流,積累主題,并通過從多個來源的知識轉移來指導未來的主題建模任務,以更好地處理稀疏的數據。在終身學習過程中,我們特別共同研究:(1)終生共享生成同源性(潛在話題)以轉移先驗知識,(2)通過新穎的選擇性數據增強、聯合訓練和話題正則化方法最小化保留過去學習的災難性遺忘。在給定一個文檔集合流的情況下,我們應用所提出的終身神經主題建模(LNTM)框架,將三個稀疏文檔集合建模為未來任務,并通過perplexity、Topic coherence和information retrieval task量化,證明了性能的提高。

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題目: MEMORY-BASED GRAPH NETWORKS

摘 要:

圖神經網絡是一類對任意拓撲結構的數據進行操作的深度模型。我們為GNNs引入了一個有效的記憶層,它可以聯合學習節點表示并對圖進行粗化。在此基礎上,我們還引入了兩個新的網絡:基于記憶的GNN (MemGNN)和可以學習層次圖表示的圖存儲網絡(GMN)。實驗結果表明,所提出的模型在9個圖分類和回歸基準中有8個達到了最新的結果。我們也證明了這些表示學習可以對應于分子數據中的化學特征。

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1、Approximation Ratios of Graph Neural Networks for Combinatorial Problems

作者:Ryoma Sato, Makoto Yamada, Hisashi Kashima;

摘要:本文從理論的角度研究了圖神經網絡(GNNs)在學習組合問題近似算法中的作用。為此,我們首先建立了一個新的GNN類,它可以嚴格地解決比現有GNN更廣泛的問題。然后,我們彌合了GNN理論和分布式局部算法理論之間的差距,從理論上證明了最強大的GNN可以學習最小支配集問題的近似算法和具有一些近似比的最小頂點覆蓋問題比率,并且沒有GNN可以執行比這些比率更好。本文首次闡明了組合問題中GNN的近似比。此外,我們還證明了在每個節點特征上添加著色或弱著色可以提高這些近似比。這表明預處理和特征工程在理論上增強了模型的能力。

網址://www.zhuanzhi.ai/paper/9cad40c81920dfd71fa91e4ddf778616

2、D-VAE: A Variational Autoencoder for Directed Acyclic Graphs

作者:Muhan Zhang, Shali Jiang, Zhicheng Cui, Roman Garnett, Yixin Chen;

摘要:圖結構數據在現實世界中是豐富的。在不同的圖類型中,有向無環圖(DAG)是機器學習研究人員特別感興趣的,因為許多機器學習模型都是通過DAG上的計算來實現的,包括神經網絡和貝葉斯網絡。本文研究了DAG的深度生成模型,提出了一種新的DAG變分自編碼器(D-VAE)。為了將DAG編碼到潛在空間中,我們利用了圖神經網絡。我們提出了一個異步消息傳遞方案,它允許在DAG上編碼計算,而不是使用現有的同步消息傳遞方案來編碼局部圖結構。通過神經結構搜索和貝葉斯網絡結構學習兩項任務驗證了該方法的有效性。實驗表明,該模型不僅生成了新穎有效的DAG,還可以生成平滑的潛在空間,有助于通過貝葉斯優化搜索具有更好性能的DAG。

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3、End to end learning and optimization on graphs

作者:Bryan Wilder, Eric Ewing, Bistra Dilkina, Milind Tambe;

摘要:在實際應用中,圖的學習和優化問題常常結合在一起。例如,我們的目標可能是對圖進行集群,以便檢測有意義的社區(或者解決其他常見的圖優化問題,如facility location、maxcut等)。然而,圖或相關屬性往往只是部分觀察到,引入了一些學習問題,如鏈接預測,必須在優化之前解決。我們提出了一種方法,將用于常見圖優化問題的可微代理集成到用于鏈接預測等任務的機器學習模型的訓練中。這允許模型特別關注下游任務,它的預測將用于該任務。實驗結果表明,我們的端到端系統在實例優化任務上的性能優于將現有的鏈路預測方法與專家設計的圖優化算法相結合的方法。

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4、Graph Neural Tangent Kernel: Fusing Graph Neural Networks with Graph Kernels

作者:Simon S. Du, Kangcheng Hou, Barnabás Póczos, Ruslan Salakhutdinov, Ruosong Wang, Keyulu Xu;

摘要:雖然圖內核(graph kernel,GK)易于訓練并享有可證明的理論保證,但其實際性能受其表達能力的限制,因為內核函數往往依賴于圖的手工組合特性。與圖內核相比,圖神經網絡通常具有更好的實用性能,因為圖神經網絡使用多層結構和非線性激活函數來提取圖的高階信息作為特征。然而,由于訓練過程中存在大量的超參數,且訓練過程具有非凸性,使得GNN的訓練更加困難。GNN的理論保障也沒有得到很好的理解。此外,GNN的表達能力隨參數的數量而變化,在計算資源有限的情況下,很難充分利用GNN的表達能力。本文提出了一類新的圖內核,即圖神經切線核(GNTKs),它對應于通過梯度下降訓練的無限寬的多層GNN。GNTK充分發揮了GNN的表現力,繼承了GK的優勢。從理論上講,我們展示了GNTK可以在圖上學習一類平滑函數。根據經驗,我們在圖分類數據集上測試GNTK并展示它們實現了強大的性能。

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5、HyperGCN: A New Method of Training Graph Convolutional Networks on Hypergraphs

作者:Naganand Yadati, Madhav Nimishakavi, Prateek Yadav, Vikram Nitin, Anand Louis, Partha Talukdar;

摘要:在許多真實世界的網絡數據集中,如co-authorship、co-citation、email communication等,關系是復雜的,并且超越了成對關聯。超圖(Hypergraph)提供了一個靈活而自然的建模工具來建模這種復雜的關系。在許多現實世界網絡中,這種復雜關系的明顯存在,自然會激發使用Hypergraph學習的問題。一種流行的學習范式是基于超圖的半監督學習(SSL),其目標是將標簽分配給超圖中最初未標記的頂點。由于圖卷積網絡(GCN)對基于圖的SSL是有效的,我們提出了HyperGCN,這是一種在超圖上訓練用于SSL的GCN的新方法。我們通過對真實世界超圖的詳細實驗證明HyperGCN的有效性,并分析它何時比最先進的baseline更有效。

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6、Social-BiGAT: Multimodal Trajectory Forecasting using Bicycle-GAN and Graph Attention Networks

作者:Vineet Kosaraju, Amir Sadeghian, Roberto Martín-Martín, Ian Reid, S. Hamid Rezatofighi, Silvio Savarese;

摘要:從自動駕駛汽車和社交機器人的控制到安全監控,預測場景中多個交互主體的未來軌跡已成為許多不同應用領域中一個日益重要的問題。這個問題由于人類之間的社會互動以及他們與場景的身體互動而變得更加復雜。雖然現有的文獻探索了其中的一些線索,但它們主要忽略了每個人未來軌跡的多模態性質。在本文中,我們提出了一個基于圖的生成式對抗網絡Social-BiGAT,它通過更好地建模場景中行人的社交互來生成真實的多模態軌跡預測。我們的方法是基于一個圖注意力網絡(GAT)學習可靠的特征表示(編碼場景中人類之間的社會交互),以及一個反方向訓練的循環編解碼器體系結構(根據特征預測人類的路徑)。我們明確地解釋了預測問題的多模態性質,通過在每個場景與其潛在噪聲向量之間形成一個可逆的變換,就像在Bicycle-GAN中一樣。我們表明了,與現有軌跡預測基準的幾個baseline的比較中,我們的框架達到了最先進的性能。

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7、Scalable Gromov-Wasserstein Learning for Graph Partitioning and Matching

作者:Hongteng Xu, Dixin Luo, Lawrence Carin;

摘要:我們提出了一種可擴展的Gromov-Wasserstein learning (S-GWL) 方法,并建立了一種新的、理論支持的大規模圖分析范式。該方法基于Gromov-Wasserstein discrepancy,是圖上的偽度量。給定兩個圖,與它們的Gromov-Wasserstein discrepancy相關聯的最優傳輸提供了節點之間的對應關系,從而實現了圖的匹配。當其中一個圖具有獨立但自連接的節點時(即,一個斷開連接的圖),最優傳輸表明了其他圖的聚類結構,實現了圖的劃分。利用這一概念,通過學習多觀測圖的Gromov-Wasserstein barycenter圖,將該方法推廣到多圖的劃分與匹配; barycenter圖起到斷開圖的作用,因為它是學習的,所以聚類也是如此。該方法將遞歸K分割機制與正則化近似梯度算法相結合,對于具有V個節點和E條邊的圖,其時間復雜度為O(K(E+V) logk V)。據我們所知,我們的方法是第一次嘗試使Gromov-Wasserstein discrepancy適用于大規模的圖分析,并將圖的劃分和匹配統一到同一個框架中。它優于最先進的圖劃分和匹配方法,實現了精度和效率之間的平衡。

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8、Universal Invariant and Equivariant Graph Neural Networks

作者:Nicolas Keriven, Gabriel Peyré;

摘要:圖神經網絡(GNN)有多種形式,但應該始終是不變的(輸入圖節點的排列不會影響輸出)或等變的(輸入的排列置換輸出)。本文考慮一類特殊的不變和等變網絡,證明了它的一些新的普適性定理。更確切地說,我們考慮具有單個隱藏層的網絡,它是通過應用等變線性算子、點態非線性算子和不變或等變線性算子形成的信道求和而得到的。最近,Maron et al. (2019b)指出,通過允許網絡內部的高階張量化,可以獲得通用不變的GNN。作為第一個貢獻,我們提出了這個結果的另一種證明,它依賴于實值函數代數的Stone-Weierstrass定理。我們的主要貢獻是將這一結果推廣到等變情況,這種情況出現在許多實際應用中,但從理論角度進行的研究較少。證明依賴于一個新的具有獨立意義的廣義等變函數代數Stone-Weierstrass定理。最后,與以往許多考慮固定節點數的設置不同,我們的結果表明,由一組參數定義的GNN可以很好地近似于在不同大小的圖上定義的函數。

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